Camii, yapılar topluluğunun merkezinde ve Gebze'ye hakim bir mevkide yer alır. 1510 yılında Çoban Mustafa Paşa tarafından yaptırılmıştır. Külliyenin yapımının çok önceden planlandığı ve anonim bir çalışmayla ortaya çıkarıldığı anlaşılmaktadır.

Mustafa Paşa Mısır'a vali olarak atandığında yapımın sürdüğü bilinmektedir. Paşa Mısır bezemelerinden etkilenerek, camisi için taşınabilir parçaları Kahire'de yaptırmıştır. Darıca iskelesinden Gebze'ye ulaştırılan süsleme öğeleri Mısırlı ustalar tarafından yerlerine yerleştirilmiştir.

Kare planlı, üzeri dört sütunun taşıdığı 24 metre yüksekliğindeki geniş bir kubbe ile örtülüdür. Duvarları taş zemin üzerine kesme taş ve muntazam tuğlalarla örülmüştür. Ayrıca caminin çevresi 2.5 metre yüksekliğinde oldukça kalın duvarlarla çevrilidir. Her cephesinde bir tane olmak üzere, dört giriş kapısı vardır. Mihrap ve duvarları kufi yazılarla süslenerek, renk düzeni görkemli Türk çinileri ile sağlanmıştır.

Bazı araştırmacılar, bu görkemli caminin de bulunduğu külliyenin planının Mimar Sinan'a çizdirildiğini, baş kalfası Hüseyin Ağa'ya da inşa ettirildiğini ileri sürmüştür. Çoban Mustafapaşa Külliyesi, cami, medrese, bimarhane, kütüphane, han, hamam, kervansaray, paşa odaları, tekke, arşiv, hela, su kuyusu, şadırvan ve bir türbeden oluşmaktadır.